Czym jest KSeF i dlaczego jest ważny dla organizacji pozarządowej?

Katarzyna Bajraszewska
9 września 2025

Nadchodząca zmiana przepisów podatkowych w Polsce, czyli wprowadzenie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) od 1 lutego 2026 r., stanowi rewolucję w sposobie fakturowania, która dotyczy również organizacji pozarządowych (NGO). System ma ułatwić obieg dokumentów, wzmocnić kontrolę podatkową i zautomatyzować księgowość.

Co to jest KSeF?

KSeF to platforma Ministerstwa Finansów, na której wystawia się i przechowuje faktury w formacie XML. Każda faktura otrzymuje unikalny numer i Urzędowe Poświadczenie Odbioru (UPO), co jest dowodem jej poprawnego wystawienia i dostarczenia. Dzięki temu w wielu miejscach/podmiotach znikną tradycyjne faktury tworzone w Wordzie czy PDF i wysyłane mailem.

Ważne:

Od 1 lutego 2026 r. Twoja organizacja może mieć obowiązek wystawiania faktur w KSeF.
Od tego dnia wszystkie faktury od sprzedawców, obowiązkowo wystawiających faktury w KSeF będą trafiały do KSeF – organizacja będzie musiała je stamtąd pobierać i księgować. Żeby to zrobić, niezbędne będzie uzyskanie przez Twoją organizację dostępu do KSeF. (https://www.gov.pl/web/kas/jak-uzyskac-dostep-do-ksef )

Terminy wprowadzenia KSeF – kto i kiedy zaczyna wystawiać faktury w KSeF?

System będzie wprowadzany etapami, aby umożliwić organizacjom i przedsiębiorcom dostosowanie się do nowych wymogów:

Od 1 lutego 2026 r. – obowiązek obejmie duże firmy, które w 2024 r. miały sprzedaż powyżej 200 mln zł.
Od 1 kwietnia 2026 r. – obowiązek obejmie wszystkich pozostałych podatników VAT w tym organizacje pozarządowe, nawet te zwolnione z VAT (zwolnienie dotyczy organizacji, które nie są zarejestrowane jako czynni podatnicy VAT i mają roczny obrót poniżej 200 tys. zł w 2025 r. a od 2026 r. – poniżej 240 tys. zł).
Od 1 stycznia 2027 r. – obowiązek obejmie także najmniejsze podmioty (mikroprzedsiębiorców w tym organizacje pozarządowe), które są tzw. „wykluczone cyfrowo” i których sprzedaż nie przekracza 10 000 zł brutto miesięcznie. Do końca 2026 r. takie organizacje nie muszą jeszcze wystawiać faktur w KSeF.

Pamiętaj:

Sprzedaż w Twojej organizacji pozarządowej powstaje, gdy pobierasz opłaty od beneficjentów – to działalność odpłatna i gospodarcza w Twojej organizacji. W takich przypadkach Twoja organizacja może mieć obowiązek wystawiania faktur w KSeF.

Kiedy nie musisz wystawiać faktur w KSeF?

Wiele organizacji pozarządowych nie będzie musiało korzystać z KSeF – zależy to od rodzaju działalności. Są dwa główne powody zwolnienia:

Zwolnienia podmiotowe (ze względu na rodzaj podatnika):

Podatnicy zwolnieni podmiotowo z VAT: Organizacje, których sprzedaż w 2025 r. nie przekroczyła 200 000 zł, są zwolnione z obowiązku wystawiania faktur w KSeF do 1 kwietnia 2026 r.
Podatnicy tzw. wykluczeni cyfrowo: Organizacje, w których łączna wartość ich miesięcznych faktur sprzedaży nie przekracza 10 000 zł brutto, są zwolnione z obowiązku wystawiania faktur w KSeF do 1 stycznia 2027 r.
Transakcje B2C: Faktury wystawiane osobom fizycznym, nieprowadzącym działalności gospodarczej, nie muszą być wystawiane w KSeF. Mogą być one nadal wystawiane np. w PDF. Uwaga: jeśli odbiorca poprosi, musisz wystawić fakturę w KSeF.
Organizacje zagraniczne: Organizacje nieposiadające siedziby ani stałego miejsca prowadzenia działalności w Polsce, co do zasady, nie są objęte obowiązkiem KSeF.

Zwolnienia przedmiotowe (ze względu na typ transakcji):

Transakcje niepodlegające VAT: Dotacje, darowizny i subwencje, jeśli nie stanowią wynagrodzenia za usługę, nie podlegają VAT. To oznacza, że nie trzeba do nich wystawiać faktur ani w ogóle korzystać z KSeF. To samo dotyczy składek członkowskich przeznaczonych na cele statutowe.
Działalność zwolniona z VAT: Transakcje zwolnione z VAT na podstawie art. 43 ustawy o VAT, takie jak usługi edukacyjne, kulturalne czy medyczne, nie wymagają wystawiania faktur w KSeF. Pamiętaj, że przy świadczeniu wyżej wymienionych usług trzeba spełnić wymogi określone w art. 43 ustawy o VAT.
Faktury uproszczone: paragony fiskalne wystawione za pomocą kas fiskalnych (z NIP) do 450 zł. nie muszą być wprowadzane do KSeF.
Transakcje zagraniczne: faktury za transakcje poza Polską (np. eksport) nie muszą być wprowadzane do KSeF.
Faktury VAT RR: Faktury dotyczące zakupu produktów rolnych od rolników ryczałtowych są wyłączone z KSeF, choć od 1 kwietnia 2026 r. możliwe będzie ich dobrowolne wystawianie w tym systemie.

Przykłady stosowania KSeF w wiejskich organizacjach pozarządowych

Koło Gospodyń Wiejskich (KGW):

Jeśli KGW sprzedaje ciasta na festynie i za pomocą kasy fiskalnej wystawia paragony fiskalne traktowane jako faktury uproszczone, a wartość jednego paragonu jest do 450 zł, nie musi korzystać z KSeF.
Jeżeli KGW organizuje lokalny festyn i sprzedaje ciasta na podstawie paragonów niefiskalnych lub KP a wartość jednego paragonu lub KP jest poniżej 450 zł., nie musi korzystać z KSeF.
W przypadku otrzymania dotacji na cele statutowe, również nie ma obowiązku wystawiania faktur i korzystania z KSeF.
Jednak gdy KGW, jako czynny podatnik VAT, wystawia fakturę firmie cateringowej za sprzedanie jej produktów regionalnych, faktura musi zostać wystawiona za pomocą KSeF. Wyjątkiem jest tutaj kwota maksymalnie 10 000 zł brutto sprzedaży miesięcznie, to zwalnia KGW z obowiązku KSeF do 31 grudnia 2026 r
W przypadku gdy KGW jest zwolnione z VAT i wystawia fakturę firmie cateringowej za sprzedaż produktów regionalnych, a nie przekracza miesięcznie kwoty 10 000 zł sprzedaży brutto, do 31.12.2026 r. KGW nie musi wystawiać faktury w KSeF
Zbieranie składek członkowskich nie wymaga fakturowania ich w KSeF.

Stowarzyszenie:

Jeśli stowarzyszenie w ramach działalności statutowej nieodpłanej, organizuje bezpłatne warsztaty językowe dla dzieci bez pobierania opłat, nie wystawia faktur, więc KSeF nie ma tu zastosowania.
Natomiast jeśli w ramach działalności gospodarczej stowarzyszenie wynajmie salę konferencyjną firmie zewnętrznej lub przyjmie opłatę za umieszczenie logotypu jakiejś firmy jest to sponsoring (działalność gospodarcza) i musi wystawić fakturę w KSeF. I tu znowu pojawia się wyjątek: kwota maksymalnie 10 000 zł brutto sprzedaży miesięcznie, zwalnia z obowiązku KSeF do 31 grudnia 2026 r.

Jeśli stowarzyszenie pozyskało sponsora (działalność gospodarcza), który w zamian za umieszczenie swojego logo na materiałach promocyjnych, przekazał określoną w umowie kwotę jest to odpłatne świadczenie usług, które podlega VAT. Wtedy stowarzyszenie będzie musiało wystawić fakturę, która musi być przesłana przez KSeF. I ponownie mamy tutaj wyjątek: kwota maksymalnie 10 000 zł brutto sprzedaży miesięcznie, zwalnia z obowiązku KSeF jw.

Fundacja:

Fundacja otrzymująca darowizny na cele statutowe nie musi używać KSeF, ponieważ darowizna nie podlega VAT.
Wpłaty 1,5% odpisu podatkowego na fundację ze statusem OPP nie wymagają stosowania KSeF.
Sprzedaż osobom fizycznym książek edukacyjnych dla dzieci przez fundację prowadzącą działalność gospodarczą, nie będącą czynnym podatnikiem VAT, nie wymaga wystawiania faktur w KSeF. Jest to transakcja B2C (sprzedaż na rzecz osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej). Uwaga: jeśli odbiorca poprosi, organizacja musi wystawić fakturę w KSeF.

Klub sportowy:

Klub sportowy, który otrzymuje dotację od ministerstwa, nie musi wystawiać faktury w KSeF.
Jednak gdy klub sportowy, nie będąc czynnym podatnikiem VAT, sprzedaje gadżety, wynajmuje powierzchnię biurową lub wystawia fakturę za usługę sponsoringu, dokumenty te muszą być wystawione w KSeF. Wyjątek: kwota maksymalnie 10 000 zł brutto sprzedaży miesięcznie, zwalnia z obowiązku KSeF do 31.12.2026 r.
Klub sportowy jest czynnym podatnikiem VAT i wystawia fakturę za usługę sponsoringu firmie, która wykupiła reklamę na strojach zawodników. Faktura za taką usługę musi być przesłana przez KSeF. Wyjątek: kwota maksymalnie 10 000 zł brutto sprzedaży miesięcznie, zwalnia z obowiązku KSeF jw.

Korzyści z KSeF dla NGO

Szybsze rozliczenia – jeśli organizacja jest czynnym podatnikiem VAT, zwrot podatku może być szybszy (termin skraca się z 60 do 40 dni).
Mniej błędów – system automatycznie sprawdza dane, co zmniejsza ryzyko pomyłek.
Nie trzeba przechowywać faktur – KSeF archiwizuje faktury przez 10 lat, ułatwiając zarządzanie dokumentami.
Ujednolicone procesy – wszystkie faktury mają ten sam format (XML), co ułatwia ich przetwarzanie.

Wyzwania KSeF dla NGO

Koszty wdrożenia – trzeba dostosować systemy księgowe i przeszkolić osoby w organizacji.
Dostęp do systemu – wszystkie osoby uprawnione muszą mieć dostęp do KSeF, żeby pobierać faktury, a jeśli organizacja ma obowiązek, także je wystawiać.
Aktualizacja polityki rachunkowości – organizacja musi dostosować swoje zasady księgowe do wymogów KSeF.
Zmiana obiegu dokumentów – trzeba dostosować sposób przechowywania i archiwizacji dokumentów rachunkowych i podatkowych.

Zasady ogólne wprowadzenia KSeF

Rejestracja i uwierzytelnienie: Twoja organizacja musi zidentyfikować osoby uprawnione do wystawiania i odbierania faktur. Uwierzytelnienie może nastąpić za pomocą kwalifikowanego podpisu elektronicznego, profilu zaufanego lub specjalnego tokena wygenerowanego w systemie.
Nadawanie uprawnień: Warto rozważyć nadanie uprawnień do KSeF osobom odpowiedzialnym za finanse w NGO, np. księgowemu lub skarbnikowi. Możliwe jest również przyznanie uprawnień biuru rachunkowemu.

Wystawianie faktur – wszystkie faktury w KSeF muszą być w formacie XML. System nadaje każdej fakturze unikalny numer, zwany numerem KSeF.
Odbiór faktur – od 1 lutego 2026 r. wszystkie podmioty, w tym organizacje pozarządowe, muszą odbierać faktury z KSeF. System powiadomi o nowych fakturach w specjalnej dedykowanej organizacji skrzynce odbiorczej.
Okres przejściowy – do 31 grudnia 2026 r. nie będą nakładane kary za błędy w fakturach w KSeF.
Śledzenie komunikatów MF – warto regularnie sprawdzać informacje Ministerstwa Finansów dotyczące KSeF.
Środowiska testowe – od 1 listopada 2025 r. można korzystać z testowego KSeF, aby ćwiczyć wystawianie i odbiór faktur. Warto to robić!
Dobrowolne korzystanie – nawet jeśli Twoja organizacja nie ma obowiązku, można zacząć używać KSeF wcześniej.

Stan prawny tekstu na dzień 05 września 2025 r. Przepisy dotyczące KSeF mogą się jeszcze zmieniać. W związku z tym organizacje pozarządowe powinny być ostrożne i nie traktować obecnych zasad jako ostatecznych. Warto regularnie sprawdzać komunikaty Ministerstwa Finansów i korzystać ze środowiska testowego KSeF (dostępnego od 1 listopada 2025 r.), żeby wcześniej wychwycić ewentualne problemy i błędy i przygotować się na zmiany.

Ważne:

Sprawdź, czy Twoja organizacja jest czynnym podatnikiem VAT.
Zidentyfikuj w swojej organizacji, jakie transakcje przeprowadzasz.
Upewnij się, że masz możliwość odbioru faktur z KSeF.
Skorzystaj ze środowiska testowego KSeF, aby poćwiczyć obsługę.
Pamiętaj, że nawet jeśli nie masz obowiązku, możesz zacząć korzystać z KSeF dobrowolnie.

Źródła: